Не разбирал дословно момент получения плаща Улисса, но скорее всего учитывается наибольшее (наименьшее) значение в репутации в НКР или Легионе. С Хаусом и Независимостью там были какие-то нюансы, но уже не помню. Репутацию подкорректировать можно через консоль, в любой момент. Корректировать нужно 2 параметра, отрицательную и положительную. Смешанная получается сама, для неё выставляемых параметров нет. Консольные команды Fallout 3 и Fallout: New Vegas, в раздел "Репутация у фракций".
Добавлю, что многие диалоги в процессе прохождения LR зависят от репутации Курьера в той или иной фракции, поэтому уже на ранних этапах могут появляться какие-то переменные, влияющие на финал. Другими словами, не всё в конце может зависеть от репутации.